上任没有多久,当局的多头马车就对巴赫的工作造成困扰。圣保罗大学教堂在1710年后,在宗教礼拜仪式上,除了少数特别庆节才举行的“旧仪式”(由圣托马斯指挥负责)外,又新增了“新仪式”于每周日举行,当初库瑙费尽心力才取得该仪式的音乐指导权,后来圣保罗的琴师歌尔纳(J. G. Görner)自荐免费提供新仪式的服务,所以巴赫就职后便管不到这份差事。这对巴赫来说颇有损失,因为他需要这份酬劳,也需要借此职务与大学建立关系。巴赫试着在旧仪式上表现他的技艺,但当局不怎么感动,给他的酬劳远比库瑙少了14塔勒,于是巴赫在1725年间接连写了三封信,向最高当局,也就是选侯奥古斯特二世陈情。巴赫的请求起了作用,也因此得到和库瑙同等的待遇,但大学始终不愿将两种仪式都交给他负责。行动失败后,巴赫灰心的把旧仪式的业务交给一位学生处理;此举激怒了当局,他们本来就轻视巴赫的教育背景,巴赫如今的行为则令当局清楚表明不让他兼这份差。
▲巴赫的雕像,位于圣托马斯教堂前
类似的状况也在之后发生。1727年,一名贵族出身的大学生基希巴赫(Hans Carl von Kirchbach)自愿在大学教堂献一台弥撒,纪念萨克森选侯的亡妻。基希巴赫获得批准后,便编了一首丧礼颂诗,交给巴赫作曲。大学当局却认为歌尔纳才是适当人选,当基希巴赫以曲子已完成为由拒绝歌尔纳作曲后,当局又告诉他曲子将由歌尔纳演出,没巴赫的份。在基希巴赫力争之下,当局用12塔勒安抚歌尔纳,却要求巴赫签署一份文件,保证今后若未得到当局同意,不得为圣保罗教堂提供任何音乐服务,而巴赫拒绝签署。虽然当局打压巴赫,但莱比锡的学生却日渐与巴赫往来密切,刺激他创作出数首世俗清唱套曲,还吸引不少大学生参与他的音乐,巴赫也不吝向其他音乐机构举荐他所青睐的学生。后来巴赫在选择晚祷圣诗的职权受到圣尼古拉教堂一位助理执事的挑战,教会当局却偏袒执事;巴赫向市议会申诉后才得到平反。
在这段期间,巴赫发掘了一批优异的歌手,最有名的当属克雷布斯与谢梅利(Christian Friedrich Schemelli)。前者是巴赫在魏玛的学生老克雷布斯(Johann Tobias Krebs)的儿子,也向巴赫学习管风琴,被认为是八首小前奏与赋格曲(BWV 553-560)的作者。后者是谢梅利歌本(Musikalisches Gesangbuch,内含BWV 439-507)的出版者老谢梅利(Georg Christian Schemelli)之子。
10、莱比锡-J.A.埃内斯蒂校长时期(1734年-1742年)
盖斯纳担任校长仅四年,便于1734年离开莱比锡,担任哥廷根大学的教职。空缺由副校长J. A. 埃内斯蒂接任。埃内斯蒂虽然年轻但学识渊博,他决心提高学校的学科素质,加重当代学科,并减少古典及神学课程的比重。埃内斯蒂亦认为音乐课程已经落伍,巴赫的作风更是不符合时代潮流。
事实上,巴赫的音乐倾向正在改变,他的研究和创作重心慢慢回到器乐,且开始重视出版自己的作品。巴赫可能受到启蒙运动的影响,或对教会当局的幻灭,导致其宗教热忱在晚年逐渐消退。巴赫领导大学音乐社的演出仍持续著,直到1737年暂时中断,1739年-1741年才又继续领导。这段期间以后巴赫也到各地检修管风琴,并拜访他的音乐家朋友。随着巴赫的年老与时代的变迁,有些乐坛后辈开始批评巴赫的风格,或质疑巴赫适应新式作品的能力,例如沙伊伯,他的父亲是著名的管风琴制造者;但也有人为巴赫撰文辩护,例如比恩鲍姆(Johann Abraham Birnbaum)和大学音乐社成员米兹勒。
巴赫的堂弟约翰·埃利亚斯·巴赫(Johann Elias Bach)于1737年借住在巴赫家中,为了在莱比锡研习神学。这段时间埃利亚斯担任巴赫三个儿子的家庭教师,并帮巴赫草拟文书信件。埃利亚斯作客期间的书信往来,令后世得以一窥巴赫的家居生活。1742年,埃利亚斯离开巴赫的寓所,成为施韦因富特的唱诗班指挥。