事实上,巴赫的音乐倾向正在改变,他的研究和创作重心慢慢回到器乐,且开始重视出版自己的作品。巴赫可能受到启蒙运动的影响,或对教会当局的幻灭,导致其宗教热忱在晚年逐渐消退。巴赫领导大学音乐社的演出仍持续著,直到1737年暂时中断,1739年-1741年才又继续领导。这段期间以后巴赫也到各地检修管风琴,并拜访他的音乐家朋友。随着巴赫的年老与时代的变迁,有些乐坛后辈开始批评巴赫的风格,或质疑巴赫适应新式作品的能力,例如沙伊伯,他的父亲是著名的管风琴制造者;但也有人为巴赫撰文辩护,例如比恩鲍姆(Johann Abraham Birnbaum)和大学音乐社成员米兹勒。
巴赫的堂弟约翰·埃利亚斯·巴赫(Johann Elias Bach)于1737年借住在巴赫家中,为了在莱比锡研习神学。这段时间埃利亚斯担任巴赫三个儿子的家庭教师,并帮巴赫草拟文书信件。埃利亚斯作客期间的书信往来,令后世得以一窥巴赫的家居生活。1742年,埃利亚斯离开巴赫的寓所,成为施韦因富特的唱诗班指挥。