巴赫晚年疑似患有糖尿病,且可能在1749年中之前已一度中风。而大概也是从此时起,莱比锡市议会便开始讨论一旦巴赫去世,该选谁为继任人选。德累斯顿宫廷的一名官员布吕尔伯爵(Graf von Brühl)推荐戈特洛布·哈雷尔(Gottlob Harrer)为下任圣托马斯教堂唱诗班指挥,于1749年6月8日举行试演会。尽管巴赫的身体并没有差到随时会去世的地步,然而在生命的最后几年,白内障使巴赫的视力逐渐丧失。1750年,英国著名的眼科庸医约翰·泰勒("Chevalier" John Taylor,他在1758年也替亨德尔治疗)刚好途经莱比锡,替巴赫的眼睛动了两次手术,但都没有成功。后来巴赫的视力一度奇迹似的恢复,但十天后,也就是该年的7月28日,巴赫仍因为严重高烧导致的二次中风而病逝,享寿六十五岁。随后在莱比锡举行葬礼。